Úspěch a neúspěch křesťanské mise od počátku úzce souvisel především s neschopností misionářů akceptovat místní kulturu a vládnoucí šlechtu, která rozhodovala o všem. Navíc se šiřitelé křesťanské víry snažili regulovat světskou moc nejvlivnějších buddhistických škol. Jakmile však dostala vláda chrámy pod kontrolu, vystoupily do popředí obavy z nové víry. Jednak to byla nedůvěra v představitele křesťanství, což byli cizinci, převážně Španělé a Portugalci, jednak obava, zda by tito muži (národem považovaní za svaté) nemohli v případě válečného konfliktu přimět lid stranit nepřátelům.
Na přelomu 16. a 17. století se objevily první protikřesťanské edikty, jejichž proklamace byly stále razantnější a které byly se stále rostoucí krutostí uplatňovány v praxi. Kolem poloviny 17. století byly japonské ostrovy zbaveny všech misionářů. Spolehlivému vykořenění křesťanství měla napomoci i některá opatření, která na více než 200 let poznamenala japonský náboženský život. V zájmu přehledu o náboženské loajalitě obyvatelstva vyžadovala vláda na všech rodinách, aby měly striktně určenu příslušnost k některému z místních buddhistických chrámů, jemu aby hlásily každé narození dítěte, sňatek, úmrtí či změnu adresy. Tak mohly být tyto skutečnosti podrobeny náležité kontrole.
Důležitým mezníkem v prosazování náboženské svobody se stal postoj vlády v období Meidži vůči křesťanům. V prvních letech této éry byla přísně potrestána řada věřících, kteří si dokázali uchovat svou víru v tajnosti téměř po tři staletí i přes zákaz jejich náboženství. Zpráva o metodách potlačování náboženské svobody se rychle rozšířila do Evropy, která pak přijala japonské vyslance velmi chladně. To přimělo vládu r. 1873 zrušit zákaz křesťanství.