Buddhismus byl dlouhou dobu považován za něco cizího, a tedy vznešeného, a praktikovala jej především šlechta, oproti šintó, které bylo pro běžné obyvatelstvo. Mezi to se buddhismus šíří až okolo 13. století.
Buddhismus v Japonsku má značně jinou podobu než v Číně nebo dokonce v Indii. Důvodem je především to, že se vyvíjel dlouhou dobu po boku šintó. Neplatí zde princip uplatňovaný na Západě, že se náboženské víry vylučují. Dnes je zcela běžné, že narození potomka se slaví v šintoistické svatyni, pohřby probíhají v buddhistických chrámech, a aby toho nebylo málo, velice moderní je dnes svatba v křesťanském kostele. Podobný princip v Japonsku fungoval v průběhu celé historie, proto v jisté fázi šintó splynulo s buddhismem a přestaly se rozlišovat chrámy od svatyní. Koncem 19. století bylo nařízeno oddělení buddhismu od šintó, avšak po dlouhých století společného fungování bylo pochopitelně složité rozlišit, která tradice z kterého náboženství vychází.
Typickým japonským buddhistickým směrem je zen, který vznikl jako odboj proti „tradičnímu“ buddhismu spočívajícímu podle zenových kritiků jen v memorování a recitování súter. Klade důraz na práci, meditaci a askezi. Zenové chrámy a zahrady jsou velice snadno rozpoznatelné pro svou prostost a jednoduchost, příkladem jsou např. Nanzendži nebo Rjóandži v Kjótu. Další populární směry jsou Šingon (ezoterické učení mnicha Kóbó Daiši), Džódo (důraz na hledání „Čisté země“) nebo Ničirenova škola (kladoucí důraz na významnost Lotosové sútry).
Nejdůležitějším buddhistickým svátkem je obon, který se odehrává v srpnu. Při této příležitosti se Japonci vracejí ke svým rodinám, navštěvují rodinné hroby a tančí se speciální tanec bon-odori. Převládá totiž víra, že duše předků se v tomto období na tři dny vrací do našeho světa a je třeba je přivítat.
