V 7. století existoval na území dnešního Yunnanu samostatný stát národa Bai (Paj = bílý) – Nanzhao (Nan-čao). Tento stát podlehl v 10. století státu Dali (Ta-li), který existoval až do 13. století, kdy ho Mongolové připojili ke své říši Yuan (Jüan). Od té doby tvoří toto území integrální součást čínských států, ale až do dnešních dnů si zachovalo etnickou odlišnost.
V novodobých dějinách Číny sehrála provincie Yunnan významnou roli především v době 2. světové války. Po obsazení celého pobřeží Japonci vedla jediná přístupová pozemní cesta spojující Čínu s ostatním světem z Indie a Myanmaru přes provincii Yunnan. Cesta byla vybudována v l. 1937–8 v nepřístupných pralesem porostlých horách mezi Myanmarem a Yunnanem. Byla dlouhá 1000 km. Ale v nejkritičtějších dobách čínsko-japonské války byla vyřazena z provozu, protože v r. 1942 obsadili její jižní terminál, město Lashio v Myanmaru, Japonci.
Hlavním městem provincie je Kunming(Kchun-ming) a kromě asi 6 % příslušníků národnostních menšin zde od r. 1979, kdy vypukla čínsko-vietnamská válka, žije také nezanedbatelný počet vietnamských uprchlíků. Archeologické nálezy dokazují, že oblast Kunmingu byla osídlena již 2000 let př.n.l. Jeho moderní historie se začíná r. 1910, kdy Francouzi budovaná indočínská železnice dospěla až sem.
