Ve středověku byla Džafna významným centrem obchodu s perlami a silným přístavem, odkud mohli Portugalci, Holanďané, a nakonec i Britové ovládat obchodní cesty do Indie. Přítomnost Evropanů v kombinaci s indickým prvkem vytvořila z Džafny pozoruhodné město oplývající směsicí koloniální, hinduistické a buddhistické architektury.
Po vyhlášení nezávislosti se z Džafny, jakožto centra Tamilů, ozývaly hlasy po samostatnosti, které se setkávaly s odmítavým postojem u sinhálské většiny. V průběhu občanské války stála Džafna v ohnisku bojů, navzdory tomu si však zachovala zvláštní kouzlo a nyní se opět otevírá turistům.